Tradicionalmente a quantificação da PCR é usada para monitorar processos inflamatórios e diferenciar: infecções virais das bacterianas, pois a segunda leva a uma concentração muito mais elevada dessa proteína; doença de Crohn (PCR elevada) da retocolite ulcerativa (PCR baixa); artrite reumatóide (PCR elevada) do lupus eritematoso sistêmico sem complicações (PCR baixa). Níveis elevados têm sido reportados em pacientes com doença arterial coronariana