Os anticorpos anti-neutrófilos (ANCA) reagem com o citoplasma de neutrófilos e estão presentes em vasculites necrotizantes sistêmicas. Estes anticorpos são detectados inicialmente pela técnica de imunofluorescência utilizando neutrófilos de doador normal. Basicamente, podem ser identificados dois padrões de ANCA: C-ANCA: caracterizado pela presença de granulações final com acentuação central característica no citoplasma dos neutrofilos fixados pelo etanol. O antígeno em 90% dos casos e a proteinase 3 (PR3). Esta fortemente associada a Granulomatose de Wegener (GW). Os níveis de ANCA são úteis na monitorização da atividade da doença. E positivo em mais de 90% dos indivíduos com GW ativa e em apenas 30% dos pacientes com doença inativa. Apresenta especificidade de 80% a 100%. Raramente e encontrado em indivíduos normais e na ausência de vasculite. Reações falso-positivas podem ser encontradas na presença de uma proteína presente na membrana celular conhecida como fator de permeabilidade bacteriana e raramente na vigência da mieloperoxidase. P-ANCA: apresenta-se como florescência nuclear com acentuação perinuclear. O auto-anticorpo e dirigido contra a mieloperoxidase (MPO). Esta relacionado com Poliangeite microscopica, Glomerulonefrite crescente (pauci-imune), alveolite hemorrágica e síndrome de Churg- Strauss. Anticorpos contra outras enzimas citoplasmáticas podem produzir uma coloração similar. Sendo assim, este padrão e também encontrado em mais de 80% dos pacientes com retocolite ulcerativa, em 70% dos casos de colangite esclerosante, em 10 a 40% dos pacientes com doenças de Crohn, além de outras doenças hepatobiliares. Também pode estar presente na endocardite e fibrose cística com infecção bacteriana. O uso de algumas drogas, como a hidralazina, pode aumentar os niveis de MPO,levando a um P-ANCA falso-positivo. A coloração nuclear ou perinuclear dos neutrofilos pode ocorrer na presenca de anticorpos para o DNA, histona e outros constituintes nucleares. Este achado pode ser indistinguível do padrao P-ANCA. Para diferenciar os dois padrões e necessária a realização da pesquisa de ANA/HEp2 e ANCA com neutrófilos fixados em formalina. A fixação com formalina previne a redistribuição do antígeno para o espaço perinuclear, levando a uma coloração semelhante ao C-ANCA