Além de agente causador de uretrite, o M. genitalium tem sido implicado em uretrite crônica, doença inflamatória pélvica e doenças articulares. Embora o M. hominis também possa ser encontrado no trato urogenital de pacientes saudáveis, tem sido cada vez mais implicado na patogênese de infecções urogenitais. Estudos experimentais e clínicos
associam o M. hominis com pielonefrite aguda, estando presente em até 10% doscasos. Possui forte associação com vaginose bacteriana, estando presente em 2/3 dos caso. Da mesma forma, diversos estudos o correlacionam com doença inflamatória pélvica e febre puerperal