Os antígenos HLA são produtos dos genes do complexo maior de histocompatibilidade. Alguns destes antígenos estão relacionados à presença de determinadas doenças. A associação mais frequente é a da espondilite anquilosante com o antígeno HLA-B27. O HLA-B27 está presente em mais de 90% dos indivíduos de raça branca acometidos por
esta doença. A pesquisa apresenta igualmente um interesse para predizer os riscos de transmissão da doença aos seus descendentes. Aumento na incidência do antígeno HLA-B27 tem sido relatado na síndrome de Reiter, uveíte anterior, artrite reativa e artrite
psorítica. Este antígeno não é um marcador da doença, uma vez que esta presente em aproximadamente 10% dos indivíduos normais. O resultado deve ser analisado associado aos achados clínicos e radiológicos sugestivos destas doenças. As vantagens da PCR sobre a citometria de fluxo (CT) incluem: maior especificidade (a Citometria
de Fluxo pode apresentar reação cruzada com o HLA-B7, HLA-B37 e HLA- B39 e interpretação objetiva)