Anticorpos antinucleares são detectados por imunofluorescência indireta em substratos de células humanas – Hep2. Cerca de 98% dos pacientes com Lupus Eritematoso Sistêmico não tratado têm o teste de Hep2 positivo. Não existe relação entre os títulos de FAN e a atividade da doença. Após o teste de triagem positivo, deve ser feita a dosagem de auto-anticorpos separadamente. Reações falso-negativas podem ocorrer na presença de anticorpos anti-SSA/Ro, anticorpos anti- DNA de fita simples (ss-DNA) e durante o uso de corticóide ou outra terapia imunossupressora. Reações falso-positivas podem ocorrer na artrite reumatóide, esclerodermia, síndrome de Sjogren, hepatite auto- imune, infecções crônicas, na presença de anticorpos heterofílicos, durante uso de vários medicamentos (hidralazina, carbamazepina, hidantoína, procainamida, isoniazida, metildopa, AAS) e em cerca de 10% dos pacientes acima de 50 anos. Elevações transitórias do FAN podem ocorrer em pacientes com infecções virais. Um teste positivo para FAN-HEp2 isolado não e diagnóstico de Lupus Eritematoso Sistêmico (LES), sendo necessário observar os demais critérios diagnósticos. Deve-se ressaltar a possibilidade de variações dos títulos do FAN-HEp2 quando realizado em laboratórios ou datas diferentes