C.trachomatis é uma bactéria intracelular obrigatória, que infecta as superfícies das mucosas do trato genito-urinário, nasofaringe ou conjuntiva. A infecção do trato genital por Chlamydia é muito comum, podendo ser assintomática e, portanto não diagnosticada ou tratada. Nos homens ela causa uretrite não gonocóccica podendo levar a epididimite e prostatite, e também ocasionar a Síndrome de Reiter (tríade formada por conjuntivite, poliartrite e infecção genital). Infecções em mulheres podem causar complicações mais sérias, como salpingites e doenças inflamatórias pélvicas e gravidez ectópica. No recém-nascido a pneumonia intersticial e conjuntivite são contraídas durante o parto