As clamídias são bactérias intracelulares obrigatórias, desenvolvendo- se na célula hospedeira e formando inclusões citoplasmáticas. Clamídia tracomatis é responsável por infecções sexualmente transmissíveis (uretrites e cervicites), podendo evoluir, quando não tratadas, para infecções profundas (epididimite, salpingite, peri-hepatite, esterilidade tubária), responsável igualmente por conjuntivites e pneumonia no recém-nascido. Pode apresentar-se de forma assintomática em 70% das mulheres e 30% dos homens. A PCR é útil na detecção rápida das infecções (em diversos sítios) por Chlamydia trachomatis. Tem sensibilidade e especificidade superiores à cultura e imunofluorescência direta. Uma de suas principais vantagens é a possibilidade de ser realizada também em amostras de urina, ao invés do raspado uretral. De acordo com o CDC (Centro de Controle e Prevenção de Doenças), a PCR é considerada o teste de escolha para este diagnóstico